Małopolska Fundacja Muzeum Sztuki Współczesnej powstała w 2004 roku. Rok później zaczęła tworzyć kolekcję w ramach Narodowego Programu Kultury „Znaki czasu”. Założeniem ministerialnego programu miało być „odrabianie wieloletnich zaniedbań w gromadzeniu sztuki nowoczesnej i współczesnej przez budowanie nowych kolekcji regionalnych”.
Kolekcja małopolska postrzegana jest jako znacząca marka. Stało się tak między innymi przez oryginalny profil kolekcji, konsekwentnie realizowany, pomimo zmieniających się okoliczności rzutujących realnie na perspektywy jej rozwoju. Było to możliwe dzięki zainicjowaniu kolekcji od „punktu zerowego” bez zaszłości jaką byłby, na przykład, zastany zalążek kolekcji. W podjętych wyborach obok dzieł artystów uznanych są również prace mniej znanych autorów. Dzieła dobierane do kolekcji wchodzą między sobą w dialog. W jednych przypadkach jest to dialog formalny, na poziomie estetyki, w innych interesujący dialog ideowy.
Kolekcja ma określone ramy historyczne i geograficzne. Przyjęte zostało założenie gromadzenia dzieł powstałych po 1989 roku. Od samego początku kolekcja ukierunkowana była na dokumentowanie ważnych zjawisk w sztuce współczesnej Małopolski, Polski i Europy Środkowowschodniej. Oprócz polskich autorów znajdują się w niej dzieła artystów m. in. z Białorusi, Czech, Łotwy, Chorwacji, Słowacji, Węgier i z Ukrainy.
Ten szczególny i wyraźny rys geograficzno-historyczny ujawnia się w kolekcji przez dzieła odnoszące się do doświadczenia i pamięci posttotalitarnej (np. w obrazach ukraińskiego malarza Sergija Czajki i węgierskiej grupy Little Warsaw, by wymienić tylko kilka wybranych przykładów), estetyki postkomunistycznej (w obiekcie rzeźbiarskim Moniki Sosnowskiej, w fotografiach Krzysztofa Zielińskiego oraz duetu Aneta Grzeszykowska & Jan Smaga) czy szerzej historii nowoczesności (w pracy Grzegorza Sztwiertni nawiązującej do neoplastycyzmu, w „nowoczesnych” rysunkach Moniki Szwed czy grafikach Davida Maljkovića z Chorwacji) albo pamięci (praca Mirosława Bałki, zbudowana z klepki podłogowej z Galerii Foksal).
Kolekcja ma walory edukacyjne także przez dobrą reprezentację tradycyjnych mediów (rysunek, malarstwo, rzeźba) i nowszych środków wyrazu (wideo, obiekt, instalacja, fotografia cyfrowa).
To tylko niektóre warte wskazania aspekty wciąż otwartej kolekcji, urosłej już do znaczących rozmiarów (ponad 450 obiektów wystawowych, więcej niż 50 autorów albo zespołów autorskich).
Kolekcja pokazywana jest w kolejnych, fragmentarycznych odsłonach w Tarnowie, gdzie od końca 2013 roku ma swoją stałą siedzibę oraz na kolejnych wystawach w gościnnych miejscach w Polsce i za granicą.